Dla osiągnięcia skuteczności w działaniach ochronnych w aglomeracji krakowskiej niezbędne jest utrzymanie najniższych możliwych stanów wielkiej wody w obrębie tego miasta. Wymaga to budowy odpowiednich zabezpieczeń w mieście i na obszarze zlewni zasilających oraz w dolinie Wisły powyżej Krakowa. Podkomponent obejmie przebudowę wałów przeciwpowodziowych rzeki Wisły w Krakowie na łącznej długości 21 km w trzech odcinkach. Dla ochrony części Krakowa i Wieliczki, w ramach realizacji tego podkomponentu zaplanowano również budowę czterech suchych zbiorników przeciwpowodziowych wraz z niezbędnymi działaniami stabilizacji koryta rzeki Serafy i Malinówki, dla których odbiornikiem jest Wisła, wraz z modernizacją istniejących obwałowań i odcinkową budową uzupełniających wałów przeciwpowodziowych.